Die Burg Girsberg entstand um die Mitte des 13. Jhdt. am westlichen Rand des Stammheimertals auf einem Drumlin, einem in der letzten Eiszeit gebildeten, nahezu kreisrunden Hügel, der heute als Rebberg dient. Den Kern der Anlage bildete der heute noch erhaltene Wohnturm. Mit seinem rechteckigen Grundriss und der geringen Mauerstärke von maximal 1,6 Metern präsentiert er sich als Kompromiss zwischen Turm und Palas, wie er um 1250 auch andernorts entstanden ist, beispielsweise auf der benachbarten Burg Schwandegg. Die Burg nimmt die gesamte Fläche der Hügelkuppe ein und wird über einen Hof auf der Südseite betreten. Dort befindet sich auch der alte Sodbrunnen, der rund 40 Meter tief sein soll.

1252 taucht in den Urkunden ein Gir von Stammheim als Dienstmann der Grafen von Kyburg auf. Vermutlich ist er mit jenem Nikolaus von Girsberg identisch, der bereits 1253 Erwähnung findet. Der Namenswechsel würde gut zum Bau einer neuen Burg passen. Ob diese zu Beginn auf Eigengut stand oder von Beginn weg ein kyburgisches Lehen war, ist nicht bekannt. Die Herren von Girsberg sind bis 1337 schriftlich nachweisbar, kurz darauf scheinen sie ausgestorben zu sein. Das Lehen fiel somit an die Habsburger als Rechtsnachfolger der Grafen von Kyburg.

Herzog Rudolf von Österreich vergab das Lehen 1361 an Ritter Burkhard von Schwandegg, der nun auf Girsberg Wohnsitz nahm. Nächste bekannte Besitzer sind im 15. Jhdt. die Herren von Griessheim aus dem Klettgau, die Schaffhauser Familie von Winkelsheim und im frühen 16. Jhdt. Peter Giel von Glattbrugg, ehe die Burg 1514 an den ehemaligen Winterthurer Schultheissen Hans von Sal kam. Nun wechselten die Eigentümer recht häufig: 1525 Gaudenz von Castelmur, 1551 Hans Kaspar Stockar. Die Familie Stockar, welche auch die Burgen Schwandegg und Widen besass, behielt Girsberg bis 1594. Nach weiteren Handänderungen gelangte die Anlage 1706 an die Familie im Thurn aus Schaffhausen. Unter ihr kam es 1756 zu einem grossen Brand auf Girsberg, dem neben einigen Nebenbauten auch der alte Wohntrakt zum Opfer fiel. Er wurde in der heute sichtbaren Form neu errichtet. Ein Portal im Erdgeschoss des Wohnturms trägt die Jahreszahl 1757, es wurde wohl beim Wiederaufbau
der Burg neu ausgebrochen.

1784 kam die Zürcher Familie Schulthess von Wittenwil in den Besitz der Burg, welche die nachfolgenden Revolutionsjahre unbeschadet überstand. Im 19. Jhdt. wechselten die Besitzer wieder sehr häufig, bis 1919 die Familie Bodmer die Anlage erwarb und sie 1920/21 einer gründlichen Renovation unterzog. Noch heute befindet sich Girsberg in Privatbesitz. Zum Schlossgut gehört auch der grosse Bauernhof am Fuss des Burghügels.

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